В иван-чае лечебными свойствами обладают и листья, и побеги, и корень. В народной медицине с его помощью лечат язву, колит, простатит, бессонницу, головную боль. К этому списку, при наружном использования лекарственного растения, добавляются конъюнктивиты, пролежни, псориаз.
Значительное количество дубильных и слизистых веществ объясняет противовоспалительные и обезболивающие свойства иван-чая. Применяют растение при катарах желудка с повышенной кислотностью, при заболеваниях легких; для полосканий при ангине, воспаленных деснах; при отитах, воспалении среднего и внешнего ушного канала; при носовых кровотечениях и гайморите. Водным отваром лечат экзему, ожоги, высыпания на коже. Иван-чай эффективен при мигрени, бессоннице и олигоменорее. Вещество ханерол, содержащееся в соцветиях кипрея, активно воздействует на опухоли, и, обладая низкой токсичностью, подавляет их рост.